Em Florianópolis há algunas aves ameaçadas de extinção por causa do desflorestamento, da caça, do tráfico e de outras pressões.
As espécies e subespécies de aves da Mata Atlântica reconhecidas como ameaçadas no Livro Vermelho da Fauna Brasileira Ameaçada de Extinção.
O macuco consta como Vulnerável na lista estadual de espécies aves ameaçadas de extinção em Florianópolis, pois é uma das aves de caça mais famosas de todo o país.
A saracura-matraca é outra aves ameaçadas de extinção em Florianópolis e em Santa Catarina.Esta ave mede aproximadamente 30 centímetros, e apresenta coloração geral marrom com o lado do corpo riscado de negro
O gavião-pombo-pequeno é uma espécie que destaca-se à distância por conta de sua cor, a espécie é predadora de aranhas, pequenas cobras, roedores, pequenos mamíferos, lagartixas, insetos, aves e mocós.
O gavião-pega-macaco também esta na lista das aves ameaçadas de extinção em Florianópolis.O gavião-pega-macaco é uma ave de rapina florestal mede até 66 centímetros, e alimenta-se de mamíferos, aves e répteis, tirados das árvores da floresta.
O Saíra-sapucaia é outra ave que também está ameaçada de extinção, Conhecido como dançarino do Perú, este pequeno pássaro colorido e está presente nas costas dos estados de Espírito Santo, Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul.
O Tiê-sangue é muito perseguido para captura para o tráfico de animais.Ele esta na lista de aves ameaçadas de extinção em Florianópolis porém em outras regiões ele ainda não consta como Vulnerável.
Cada espécie no ambiente tem seu papel e temos esses grandes predadores que ajudam a controlar as populações de presas, de modo que a população de presas tende a aumentar muito e criar um desequilíbrio.
Ele ilustra o caso do próprio Macuco, que é um animal extremamente importante para o plantio de árvores, que também correm risco de extinção.Existem alguns animais que são dispersores de sementes, o Macuco por exemplo é um animal que se alimenta de sementes de bagas relativamente grandes e dispersa essas sementes.
O Macucoanda muito pela floresta então recolhe frutas caídas no chão e vai longe para defecar , então ele planta espécies ameaçadas de árvores lá fora.